Durante la guerra del 1999 circa un milione di Albanesi del Kosovo si rifugiano in Albania. SOS Villaggi dei Bambini Albania li accoglie lanciando programma di emergenza, usando le infrastrutture già esistenti. Molti dei profughi tornano in Kosovo già nell’autunno del 1999.
SOS Villaggi dei Bambini di fronte alle terribili condizioni sociali in cui versa il Kosovo decide di intervenire. Nel giugno del 2000, dopo lunghi negoziati con il governo ad interim, UNMIK, e con le autorità locali è stato possibile firmare un contratto per la ricostruzione del Centro Sociale SOS di Pristina comprensivo di asilo e campo giochi.
Il Centro Sociale SOS ha anche la funzione di casa di accoglienza per bambini orfani in attesa di adozione. Alla fine del 2002 il Centro Sociale è pieno di bambini. I bambini con esigenze particolari qui hanno a disposizione anche educatori.
Nell’ ottobre del 2004, SOS Villaggi dei Bambini firma un accordo governativo che sancisce la costruzione del Villaggio SOS di Pristina.
Nel 2007 SOS Villaggi dei Bambini del Kosovo ha iniziato a gestire un Programma di Rafforzamento Familiare, per evitare che i bambini siano abbandonati o sfruttati dalle loro famiglie in difficoltà.
Al momento c'è 1 Villaggio SOS in Kosovo, 1 Asilo SOS e 3 Centri di Sviluppo Sociale SOS.