Quando nel 1991 scoppia la guerra nell’ ex Jugoslavia, il flusso di profughi provenienti da tutte le parti del paese è ininterrotto. Entrambi i Villaggi SOS e la casa del giovane danno asilo sia ai bambini sia ai loro genitori.

Nel 1999 buona parte della Serbia è sotto i bombardamenti e le condizioni sociali del paese peggiorano drasticamente. SOS organizza il trasporto dei beni di primo soccorso al Villaggio SOS di Novi Sad.

Durante il caos della guerra il Villaggio SOS viene danneggiato e si rende necessaria la sua ricostruzione. Durante i bombardamenti del 1999 i bambini con lievi handicapp sono accolti nella Casa del Giovane SOS in modo da poter frequentare la vicina scuola per bambini con esigenze speciali.

Qualche tempo dopo la casa del giovane passa alla municipalità di Novi Sad che la converte in un Centro Sociale per bambini e adolescenti. A Novi Sad SOS compra anche appartamenti per i giovani cresciuti nei Villaggi SOS che sono pronti ad affrontare la vita indipendente.

Nel giugno 2003 inizia la costruzione del secondo Villaggio SOS a Kraljevo, nella Serbia centrale.

Nello stesso periodo viene attivato un programma per sostenere le famiglie di Serbia e Montenegro. Lo scopo di questo programma di prevenzione è offrire ai bambini la possibilità di praticare attività ricreative e sociali durante il tempo libero. Gli adulti ricevono consulenza in materie che riguardano lo sviluppo dei bambini.

Nell’ aprile del 2005 apre ufficialmente il Villaggio SOS di Kraljevo.

Oggi in Serbia e Montenegro ci sono due Villaggi SOS, 2 Case del Giovane SOS, un Centro Sociale SOS e un Centro di Formazione per mamme e staff SOS.